基于Alpha-NMF的AD樣本分類及特異性基因選擇方法
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由于NMF算法受初值和維數r的影響，因此對每組實驗分別取r=2，3，4，5時運行NMF算法20次。為了衡量由于r值選取不同導致的聚類的穩定性問題，定義了一個共表型相關系數(圖3分類穩定性比較)，共表型相關系數越接近于1，分類越穩定。本文引用地址：http://www.104case.com/article/193834.htm
觀察圖3和圖4的結果，通過比較可以發現，隨著r的增加，其相關系數和分類正確率普遍降低，當r=2時，其分類穩定性和識別正確率明顯高于r=3，4，5時的情況。此時，Alpha-NMF算法相比標準NMF算法具有較高的分類準確性和穩定性。尤其當α=0．5時，效果最佳。因此，選擇Alpha-NMF算法α=0．5，r=2處理后的集合基因，如圖2所示，選擇某一閾值(此處閾值為50)，可以分別提煉出268個(HIP)、172(EC)個探針表達變化具有顯著差異。
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4．1 特異性基因及其功能分類
將上節提煉出的探針號與AD基因組進行比對，共確定有320個基因為特異性基因。這些基因主要于細胞信號傳導、物質代謝、物質傳輸等生物過程有關。
MiMI(Michigan Molecular Interactions)是國家衛生研究所疾病預防控制綜合生物情報中心中的一部分。它可以提供蛋白質間的相互作用，并且利用這些數據進行融合，集合成一個復雜的網絡；還能檢索大量基因的生物功能。
使用MiMI對上上述特異性基因進行功能分類，其中有88基爵在GO(Gene Ontology)上沒有注釋，因此沒有對其分類，僅對其余的232個基因進行分類，根據分類結果，主要分為以下幾類：1)物質代謝過程；包括蛋白質代謝、細胞氮化合物代謝、核苷酸代謝；2)細胞周期過程，包括細胞形態發生和發展、細胞自動調節機能、生殖細胞形成；3)定位過程，包括蛋白質定位、細胞定位、大分子定位；4)細胞成分組織，包括細胞內大分子聚集、細胞膜組織以及細胞內各器官組織；5)生物合成過程，包括核苷酸合成、小分子合成；6)基因表達、轉錄、翻譯；7)神經系統調節，包括神經元的形成、神經突觸傳導、神經元變異、神經傳導素生成及傳輸；8)細胞凋亡；9)物質運輸，包括ATP水解耦合質子運輸、陽離子運輸、胞內蛋白質運輸、離子跨膜運輸。上述基因功能分類如表1所示。
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